Primero tienes que encontrar el directorio más grande.
cd /
sudo du -xh --max-depth=1 | sort -h
Entra ahora en la carpeta más grande y ejecuta el mismo comando una y otra vez hasta que encuentres la carpeta que ocupa más espacio...
Ahora para comprobar los 20 archivos más grandes dentro de /var por ejemplo:
sudo find /var -type f -exec du -h {} + 2>/dev/null | sort -rh | head -n 20
El comando anterior muestra los 20 archivos más grandes del directorio /var.